Un'analisi genomica condotta dai ricercatori della Stanford University e pubblicata su Nature Communications ha rivelato la presenza di sequenze di DNA di coyote selvatico (Canis latrans) nel genoma del Chihuahua. Attraverso le piattaforme software Gnomix e Gnofix, basate sulla tecnica di local ancestry inference (LAI), il team ha mappato l'origine evolutiva di specifici segmenti genetici nelle razze autoctone messicane. A differenza della maggior parte dei cani moderni di origine europea, il Chihuahua e lo Xoloitzcuintli conservano una componente precolombiana distintiva: il primo mostra tratti ereditati dal coyote, mentre il secondo racchiude oltre il 4 per cento di ascendenza legata ai cani artici. L'ibridazione è avvenuta prima dell'arrivo di Cristoforo Colombo nelle Americhe, sebbene resti da chiarire se si sia trattato di incroci spontanei o guidati. La statura ridotta del Chihuahua rappresenta invece l'esito di una successiva selezione artificiale condotta dalle popolazioni locali.