Fernando Alexandre afirma que a nova Lei da Ciência e Inovação, aprovada em Conselho de Ministros, vai permitir mitigar a fragmentação do sistema científico nacional. Segundo o ministro da Educação, Ciência e Inovação, o diploma tem um "quadro conceptual diferente", permitindo a qualquer entidade "candidatar-se ao selo da entidade de investigação". 

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Para João Barros, presidente da AI², um dos grandes desafios para a próxima década em Portugal é fazer evoluir o “sistema científico e tecnológico altamente fragmentado” para um ecossistema em que “todos os componentes estão profundamente interligados". A ideia é um dos objetivos da nova agência que funde a ANI e a FCT.

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